Trung tâm Trắc địa và Bản đồ Biển được thành lập ngày 11 tháng 6 năm 1998,  theo Quyết định số 502/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Trắc địa Bản đồ Biển thuộc Viện Khoa học Địa chính và Xí nghiệp 304 thuộc Công ty Trắc địa Bản đồ số 3.

Năm 2002, Bộ Tài nguyên và Môi trường được thành lập. Trong quá trình sắp xếp, cơ cấu lại tổ chức của Bộ, Trung tâm Trắc địa và Bản đồ Biển được thành lập lại, trực thuộc Cục Đo đạc và Bản đồ theo quyết định số 44/QĐ-ĐĐBĐ ngày 12 tháng 3 năm 2003 của Cục trưởng Cục Đo đạc và Bản đồ.

Hiện nay, Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, thực hiện chức năng giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam thực hiện điều tra cơ bản về khảo sát, đo đạc, thành lập bản đồ biển và hải đảo; cung cấp các dịch vụ đo đạc, thành lập bản đồ, định vị, dẫn đường phục vụ công tác khảo sát, tìm kiếm, thăm dò và khai thác tài nguyên, quản lý tổng hợp tài nguyên, bảo vệ môi trường biển và hải đảo, cứu hộ, cứu nạn trên biển; nghiên cứu ứng dụng, phát triển, chuyển giao công nghệ đo đạc, định vị dẫn đường trên biển.

Ngoài việc thực hiện nhiệm vụ chính trị do Bộ, Tổng cục giao Trung tâm còn mở rộng khai thác các hợp đồng cung cấp dịch vụ Trắc địa bản đồ cho các đơn vị trong và ngoài ngành tài nguyên môi trường, các công ty trong và ngoài nước.

Bộ máy tổ chức của Trung tâm hiện nay gồm: 01 Giám đốc, 02 Phó Giám đốc, 04 đơn vị trực thuộc và 4 phòng chức năng giúp việc, có trụ sở tại Hà Nội, Hải Phòng, Tp. HCM, TP. Vũng Tàu. Tổng số lao động trong danh sách của Trung tâm cho đến nay là 160 người. Trong đó có 18 Thạc sĩ, 96 Đại học và Cao đẳng.

Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển có 4 phòng ban chức năng, 4 đơn vị sản xuất trực thuộc, 2 trạm trạm định vị vệ tinh DGPS và 01 tàu đo đạc biển

04 Phòng chức năng bao gồm:

• Văn phòng
• Phòng Kế hoạch – Tài chính
• Phòng Kỹ thuật – Công nghệ
• Phòng Quản lý khai thác dịch vụ.

04 Đơn vị sản xuất trực thuộc gồm:

• Đoàn Đo đạc biển miền Bắc
• Đoàn đo đạc biển miền Nam
• Đoàn Dịch vụ Trắc địa và Bản đồ
• Trung tâm Xử lý số liệu và Biên tập bản đồ

2 Trạm Định vị vệ tinh DGPS gồm:

Trạm định vị Đồ Sơn (Quản lý trực tiếp bởi Đoàn Đo đạc biển miền Bắc) 

•    Địa chỉ: Quận Đồ Sơn, thành phố Hải Phòng

Trạm định vị Vũng Tàu (Quản lý bởi Đoàn Dịch vụ Trắc địa và Bản đồ) 

•    Địa chỉ: 126A, đường Đô Lương, Phường 11, thành phố Vũng Tàu

01 Tàu đo đạc biển (Quản lý trực tiếp bởi Đoàn Đo đạc biển miền Bắc)

CHỨC NĂNG, NHIỆM VỤ     

– Chủ trì hoặc phối hợp xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, chương trình, quy hoạch, kế hoạch, tiêu chuẩn kỹ thuật, quy chuẩn kỹ thuật, định mức kinh tế – kỹ thuật, quy trình kỹ thuật chuyên môn nghiệp vụ về công tác điều tra cơ bản biển và hải đảo theo phân công của Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.

– Thực hiện các đề án, dự án, nhiệm vụ chuyên môn về đo đạc cơ bản trên biển, bao gồm: xây dựng hệ thống điểm khống chế tọa độ, độ cao, độ sâu, trọng lực phục vụ công tác đo đạc biển và hải đảo; đo đạc thành lập, hiện chỉnh bản đồ biển và hải đảo, bản đồ trọng lực biển, bản đồ địa chính biển thuộc hệ thống bản đồ Quốc gia theo nhiệm vụ Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam giao.

– Khảo sát, đo đạc, thành lập hệ thống bản đồ địa hình đáy biển, hải đảo, và các loại bản đồ khác phục vụ công tác quản lý Nhà nước của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam; khảo sát các công trình biển; tham gia xác định địa danh các đảo, cụm đảo trên vùng biển, hải đảo Việt Nam; tham gia xây dựng cơ sở dữ liệu (CSDL) tài nguyên – môi trường biển, hệ thống thông tin địa lý biển và hải đảo(SGIS) phục vụ công tác quản lý và phát triển kinh tế biển của các ngành và địa phương.

– Khảo sát, đánh giá địa hình, địa mạo các vùng cửa biển, cửa sông,bãi bồi và các dạng tai biến thiên nhiên, biến động địa hình đáy biển, xói lở, bồi tụ bờ biển… phục vụ đánh giá tác động tài nguyên và môi trường biển và hải đảo; tham gia điều tra tổng hợp phục vụ thống kê phân loại tài nguyên biển và hải đảo, phục vụ công tác quản lý, sử dụng, khai thác tài nguyên,bảo vệ môi trường khu vực biển và hải đảo.

– Quản lý, vận hành và khai thác các trạm định vị vệ tinh (DGPS) cố định ven biển thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam. Quản lý, khai thác các tàu đo đạc biển chuyên dụng theo quy định của pháp luật.

– Phối hợp triển khai xây dựng và khai thác các trạm quan trắc tổng hợp tài nguyên – môi trường biển. Tham gia xây dựng các chương trình, kế hoạch, đề án, dự án, nhiệm vụ quản lý tổng hợp biển, vùng ven biển, hải đảo; tham gia thực hiện kiểm tra, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên và bảo vệ môi trường vùng biển, vùng ven biển và hải đảo; tham gia xác định các vùng ô nhiễm nghiêm trọng phát sinh do các hoạt động khai thác, sử dụng biển, hải đảo và các sự cố hoặc thiên tai trên biển.

– Tư vấn lập hồ sơ giao khu vực biển, hải đảo; tư vấn chuyển giao, đào tạo công nghệ đo đạc, định vị dẫn đường, giám sát, kiểm định chất lượng công trình sản phẩm đo đạc bản đồ cho các tổ chức cá nhân trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật.

– Cung cấp các dịch vụ về khảo sát, đo đạc thành lập bản đồ, định vị dẫn đường phục vụ thiết kế, xây dựng các công trình trên biển, sông, hồ cho các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật.

– Thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế, ứng dụng và phát triển công nghệ về đo đạc, thành lập bản đồ biển, hải đảo và định vị, dẫn đường trên biển.